海洋的隔離，讓東沙島演化出不同於台灣的生態面貌，這裡的陸域植物種類不算豐富，但由於緯度比較低，多以熱帶植物為主，有一些台灣本島沒有的物種，例如白避霜花、橙花破布子等熱帶喬木。過境的鳥類來來去去，目前紀錄的種類有271種，但每個種類的隻次不高，這是因為鳥兒只短暫在東沙島停留，補充能量後就會往目的地啟程。潟湖內生長的水草，其繁盛衰萎所滋生的養分，吸引許多水鳥覓食。別忘了觀察這裡的招潮蟹、寄居蟹和陸蟹，例如大剌剌的凶狠圓軸蟹，數量多且不怕人，還有在99年才被正名的招潮蟹新種─賈瑟琳招潮蟹。《東沙環礁國家公園》

墾丁擁有難得的天然海岸林，尤以香蕉灣為完整，不僅單位面積維管束植物的多樣性高，也擁有沙灘、高位珊瑚礁、湧泉等各種地形，最享受這個天堂的是各種各類的陸蟹。海岸林植物根系的盤根錯節提供多樣的微棲地，陸蟹種類約佔全台的八成，包括大型的毛足圓盤蟹，嬌小的奧氏後相手蟹及樹蟹，他們在繁殖季會降海釋幼，也因此暴露於路殺的危險中，是近年備受關注的保育議題。《墾丁國家公園》

整片屬於亞熱帶季節林，高位珊瑚礁底質的石灰岩使得這裡的植物相特殊，例如全台面積最大的榕屬植物山豬枷，特色植物密毛魔芋、台灣魔芋。多孔隙的石灰岩適合喜隱密的蛇類棲息，石灰質和有機質供應了許多蝸牛生長，這裡也棲息許多低海拔的留鳥，還有最廣為人知的台灣獼猴。走在步道上，岩層不時可看見海洋生物化石，是別具特色的森林。《壽山國家自然公園》

潮間帶是認識海洋生物最好的起點，墾丁的後壁湖、萬里桐都有廣大的潮間帶，大大小小的潮池，是許多海洋無脊椎動物、幼生或小型海洋魚類的小天地。日間最常見雀鯛科、魚尉科、鰕虎科等魚類，銀色的鯔科魚類則巡游於水表；夜間則是觀察許多無脊椎動物的好時機，夏日陸蟹降海釋幼，一些螺類、棘皮動物大肆攝食，非常地熱鬧。《墾丁國家公園》

浯江溪口的潮間帶可見泥灘地和紅樹林，紅樹林可見水筆仔與海茄苳，泥灘地則有大批的候鳥，像是搶眼的蠣鴴，悠游潮溝的小水鴨。漲退潮前後一小時則是覓食天堂，水鳥眾多，也是賞鳥的好時機。《金門國家公園》

金門濕地眾多，其中慈湖及浯江溪口皆為近海的泥沙底半淡鹹水濕地，陵水湖則為淡水水域與草澤叢生的環境。近海濕地有許多無脊椎動物例如貝類、蟹類，比較特別的是屬於節肢動物的鱟。水鳥則在淡水或半淡鹹水濕地都可見，陵水湖以翠鳥科為特色，慈湖及浯江溪口則以鸕鶿群、雁鴨和鷸鴴、鷗科鳥類為主要組成。《金門國家公園》