陽明山區有不少湖泊，各個湖泊都各有自己的風貌和故事。冷水坑小巧可愛的牛奶湖其實是火山活動的爆裂口，岩層中豐富的水和硫氣沉澱物、細砂土混合的結果造就了牛奶般的顏色。由東北季風澆灌的夢幻湖，前身是山間的谷地，因山崩而堵塞，留下幻境般的美景，與珍稀的水生蕨類─台灣水韭守候其中。梅雨和颱風雖總把生活弄得狼狽，但向天池這座火口湖中，豐年蟲、蚌蟲得到了延續生命的機會，當池水漸漸乾涸，他們以休眠卵等待下一次的潤澤。各種湖水的容顏為這片火山區帶來不一樣的溫柔氣息。《陽明山國家公園》

太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》

溪水在陽明山澗沿著放射狀的水徑奔騰，最熟悉的，莫過於斯文豪氏赤蛙響亮的鳴唱，一年四季忠誠地迴盪。有的溪流是豐富的翠綠，一派低海拔的熱鬧，蕨類、闊葉林相伴，馬口魚悠游其中，享受水流的速度，纓口鰍棲於底層，頂著像是大大小小礫石的一身斑點。有的溪流卻是金鋒蒼勁，被氧化鐵染出橘金色的溪石，酸性的溪水讓許多生物敬而遠之，展露大自然的魄力。《陽明山國家公園》

雪山地區的溪流北有雪山山脈，南則是南湖大山山系，阻隔族群的交流及物種的擴散。這裡的溪水清澈冷冽，兩岸的天然植被供應動物所需的養分，陸封型的台灣櫻花鉤吻鮭在此成為孑遺物種，全台近七成的鴛鴦族群在天然樹洞繁殖，這些特別的生物造就雪山溪流的獨特與珍貴。《雪霸國家公園》

太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》