南方四島海域為黑潮支流流經之處，因海底地形造成湧升流，營養鹽豐富，隨潮汐又有底層冷水團上舉進入，強勁海流將海水混合均勻，滋養許多海洋生物，且受海水暖化影響的程度較低。澎湖南方四島珊瑚礁，特色是大面積的枝狀或桌面狀石珊瑚群聚，具有旺盛的造礁活動。珊瑚礁提供其他海洋生物的棲息，可見各種隆頭魚、蝶魚及石鱸，特別容易見到大群洄游性的雙帶烏尾鮗，以魚類相來說兼具有臺灣北端和南端的物種，具有南北交會的特色。此外，這裡曾記錄到殼長逾40公分的大法螺，彌足珍貴。《澎湖南方四島國家公園》
沙珊瑚礁生態系大致可分為環礁、中央大潟湖和島周邊等不同的環境。中央大潟湖因1998年珊瑚白化，珊瑚覆蓋率平均約2成，緩慢恢復中。環礁由於海水清澈，石珊瑚與軟珊瑚群體健康許多，表面也有潮池，棲息著許多海洋無脊椎動物例如海膽、海參等，外緣珊瑚礁覆蓋率可高達70-85%。在水流比較強勁的地區，則有柳珊瑚的分布，可見此處海流較為強勁。先前常聽到的海洋動物小明星─「豆丁海馬」，就是在屬於柳珊瑚類的海扇珊瑚上被發現的。《東沙環礁國家公園》
