陽明山國家公園內因氣候濕潤溫和，蛙類和鼠類等小型動物數量繁多，因此有不少蛇類出沒，已知有35種之多，其中有7種蛇類有毒。毒蛇中數量以赤尾青竹絲較多，龜殼花、眼鏡蛇和雨傘節僅偶而可見，阿里山龜殼花、環紋赤蛇和帶紋赤蛇則很少見，百步蛇雖台南蛇王說在陽明山區曾有某人的阿公被咬死過，但1986年以來並無紀錄，鎖鏈蛇則僅分佈於東南部的台東、花蓮，陽明山沒有分佈。

2009年在墾丁國家公園陸域範圍內記錄到的外來種植物共有47科115屬138種，其中經人為栽植的外來栽培種共28種。若某植物在受干擾的棲地已成為優勢種、覆蓋度佔50%以上、或其族群在墾丁國家公園範圍內有廣泛的分布者，則判定為外來入侵種。本研究判定入侵種共有17種，包含賽山藍、大花咸豐草、小花蔓澤蘭、金腰箭、長柄菊、番仔藤、野牽牛、銀合歡、美洲含羞草、倒地鈴、馬櫻丹、長穗木、孟仁草、毛梗雙花草、象草、大黍、紅毛草。外來植物中，頻度最高的是大花咸豐草(74%)，其次為銀合歡(56%)，長穗木(34%)及馬櫻丹(30%)則為第三及第四高者。目前墾丁國家公園地區已有6種世界百大入侵種，除了應積極排除銀合歡、小花蔓澤蘭及馬櫻丹外，亦須注意香澤蘭、刺軸含羞木及南美蟛蜞菊的數量與分布情況，在尚未有大面積的拓展之前就予以清除，並於日後加強監控這些外來種之族群變化，建議一旦發現就予以清除，避免出現更大規模的擴散。（引用文獻：郭耀綸。墾丁國家公園區內外來植物種類及其入侵性調查。墾丁國家公園）

莫氏樹蛙為”雌性選擇配偶”的蛙類，兩性之間的生殖策略不同。雄蛙會在固定的地方鳴叫，雌蛙則會在附近的水域逗留，雌蛙在聆聽到雄蛙的鳴叫聲後，雌蛙便被吸引，而後主動接近並碰撞雄蛙而形成配對。雌蛙對於雄蛙的選擇條件包括：對某種叫聲的偏好、所擁有的資源狀況、是否可以增加受精率等。根據研究者的觀察，體型較大的雄蛙擁有較高的成功配對率，但對於配對的莫氏樹蛙對間，雄雌的體型沒有太大的關連。（引用文獻：夏禹九。太魯閣國家公園莫氏樹蛙生殖及生態學研究。太魯閣國家公園）

大屯姬深山鍬形蟲(Lucanus datunesis)為臺灣特有種，目前僅分布於陽明山國家公園內大屯火山區。調查結果指出，五月中、下旬至六月底的上午8點至11點為大屯姬深山鍬形蟲主要活動時間。鍬形蟲出沒的數量主要受到風勢及雨量影響，當平均風速大於2公尺/秒時，鍬形蟲停止飛行活動；當風勢小於2公尺/秒時則恢復活動。依據調查結果評估，大屯山地區一般的人為活動並不會影響其存活，而大量非法捕捉可能才會影響大屯姬深山鍬形蟲永續生存。由於在大發生期雄蟲於芒草原上方飛翔，易於觀察也非常適合進行保育課程及生態介紹活動，也因為大量出沒的地點侷限，研究者建議在這段時間內加強大屯山特定地區內之巡守，以防止民眾非法採集，也建議在這段出現高峰前後舉行生態教育活動，宣導保育觀念。（引用文獻：林仲平。大屯姬深山鍬形蟲之族群量變化和遷徙活動研究。陽明山國家公園）

除了生態與行為特徵，族群的遺傳結構、變異度與族群組成，亦是保育瀕危物種的重要資訊。研究者長期在大分地區蒐集臺灣黑熊的新鮮排遺與毛髮，以DNA進行遺傳分析，鑑別出百餘隻不同的個體，作為推估臺灣黑熊族群數量、遺傳多樣性、近親交配指數與族群間基因交流程度的依據。若將99年度鑑別出的50個個體視為單一族群進行分析，結果顯示該族群之歧異度尚高；但可能由於黑熊個體在大分地區的青剛櫟結果期結束後，便回到不同的地區繁殖，則來自不同地區的個體間可能會存在著地理上的遺傳分化，即代表一個大族群下擁有多個亞族群，因而產生華倫德效應（Wahlund effect），使得大族群的分析結果偏離哈溫平衡（Hardy-Weinberg equilibrium）。然而黑熊的活動力甚強，尚待多年追蹤的個體資料，以及大分地區以外的族群遺傳資訊，提供更加詳細的資料進行佐證。（參考文獻：黃美秀，2010-2012。玉山國家公園台灣黑熊族群生態及遺傳狀況評估研究（1/4-3/4）。玉山國家公園管理處，南投縣。）

研究者以潛水調查墾丁國家公園海域海洋保護區珊瑚礁魚類，目測比較海洋保護區(後壁湖和核三廠入水口)與非保護區(跳石和小灣)內大型分枝形軸孔珊瑚區塊珊瑚礁魚類的種類與數量，發現總魚體數在2個海洋保護區皆顯著高於2個非保護區，顯示海洋保護區對維持魚類資源具有重要作用。此外，小灣珊瑚礁魚類的數量和多樣性都較其他地點低，可能與其未受保護，並且大型分枝形軸孔珊瑚已死亡有關，顯示海洋保護區和健康的大型分枝形軸孔珊瑚都對保護魚類群聚扮演重要作用。魚類的發展十分依賴棲地的品質，分枝形石珊瑚礁是很重要的珊瑚礁魚類棲所，珊瑚分枝間形成的三維空間提供大量無脊椎動物、某些小型珊瑚礁魚類與仔稚魚避敵的空間，形成多樣性豐富的棲地。此外，珊瑚礁魚類的豐富度與棲地的珊瑚數量多寡也有關聯；因此，珊瑚的種類與數量對珊瑚礁魚類多樣性與豐富度的維持非常重要。（引用文獻：樊同雲。珊瑚礁保護區珊瑚資源復育計畫。墾丁國家公園。）

以自動照相機與自動錄音機進行野生動物的監測有日夜工作、標準化以及記錄稀有物種的優點，也幾乎涵蓋了多數的哺乳動物與鳥類，更可配合氣象資料用以長期監測，而避免了不同調查人員的所造成的偏差。在玉山與塔塔加地區的自動化監測研究中，發現山羌、水鹿與台灣野山羊日夜皆活動，基本上都有晨昏時段活動比較頻繁的趨勢，山羌顯著偏向白天活動，而水鹿夜行活動比例較高。黃鼠狼主要則在夜間活動，偶而會在白天活動，黃喉貂則相反，兩者活動時間明顯皆有日夜區隔的現象。在步道附近100公尺內活動的山羌、台灣野山羊與水鹿3種日夜皆活動的大型哺乳動物，出現時間大致上都有避開上遊客出現高峰的趨勢。（引用文獻：姜博仁。玉山與塔塔加地區中大型哺乳動物。玉山國家公園。）

東沙島鳥類調查及繫放研究於2009年3月至11月執行，共記錄47種新紀錄種，將東沙島的鳥種數提升至231種。東沙島的鳥類以候鳥為主要組成，有種類多、變化大而族群量少的特點。除了白腹秧雞外，並未發現其他繁殖鳥種。東沙島上欠缺繁殖鳥種的原因，可能是因為面積狹小、欠缺穩定的棲息環境、距離大陸或大型島嶼過遠。另外，在東沙島被繫放的紅胸濱鷸會飛到澳洲，而來自崇明島、澳洲、紐西蘭的水鳥亦穩定地回到東沙島，顯示東沙島在東亞－澳洲遷徙路線上的重要性。東沙島雖然面積小、並非位於候鳥的主要遷移路徑上，但整個南中國海同時擁有樹林、沙灘、潟湖的島嶼相當稀少，對於選擇由海域通過的遷移性個體，東沙島提供重要的棲息及避難場所，顯示其在這些少數選擇直接由南中國海通過的候鳥族群遷移過程中不可替代的重要性。（引用文獻：張學文。東沙島鳥類生態資源監測調查（二）。東沙環礁國家公園。）