台灣高海拔地區的環境對於冰河期播遷來的生物是良好的避難所，這些區域常因地形的阻隔使物種特化，而發展出稀有種。玉山國家公園範圍包含玉山山脈與中央山脈兩大山脈，對分佈在這些地區的哺乳類來說，地形的隔離現象使其基因特化的現象值得去探討。研究者透過研究塔塔加、關山、圓峰等區域的鼠科動物的DNA差異，發現森鼠親源關係在各山系中並未有地理分岐的現象；高山白腹鼠則呈等距的親源關係；高山田鼠在各山系中明顯形成獨立支系。顯示各個物種的生活史與自然環境的狀態，決定了各個物種特化的程度。（引用文獻：林良恭。玉山國家公園之高山島嶼生態學哺乳類保育遺傳研究。玉山國家公園。）

愛玉子(Ficus pumila var. awkeotsang)隸屬於桑科榕屬，主要分布於海拔1200-1900 公尺之中低海拔地區，為台灣特有藤本植物。愛玉子為人熟知的功能即是具有果膠酯酶引發化學作用形成果凍，由於人為非法盜採，使得野生愛玉族群數量減少。研究者利用微衛星DNA估算愛玉子之遺傳多樣性，發現愛玉子在多個基因座上均顯著偏離哈溫平衡，可能是在過去遭遇瓶頸效應造成族群數量的減少而成，現今物種及族群間也保有較低之遺傳歧異度，當遺傳歧異度降低常因此降低物種適存度，面臨環境變遷、棲地改變時，族群容易產生滅絕之危機。建議應針對國家公園境內之愛玉子族群進行保護、避免人為盜採影響其物種生存，為維護其物種存活，維持林相完整、減少人為干擾將有助於維持愛玉子之族群數量。（引用文獻：蔣鎮宇。玉山國家公園境內愛玉子之保育生物學研究。玉山國家公園。）

陽明山國家公園為一鄰近都會區的國家公園，園區內的道路密集且交通頻繁，以致有嚴重的動物車禍問題。其中(1)巴拉卡公路、(2)陽金公路、(3)台北縣道28 號、(4)萬溪產業道路，是遺體分布較密集的道路。這四條道路上，動物遺體大量出現的路段長且連續，為動物車禍最嚴重的區域。其中有許多兩生及爬行動物遭受到嚴重的動物車禍，例如黃口攀蜥、印度蜓蜥、鈍頭蛇、盤古蟾蜍、斯文豪氏赤蛙、拉都希氏赤蛙等。故針對這些受到動物車禍影響較鉅的物種，利用分子生物學方法，探討道路兩側是否有族群切割分化的問題，有助於擬定對於這些物種的保育策略，是未來值得進行的研究方向。（引用文獻：劉小如。陽明山國家公園生態廊道系統評估之研究。陽明山國家公園。）

雪霸國家公園內的觀霧地區為觀霧山椒魚的重要棲地，受颱風所引起的山崩和土石流的災害下，棲地遭受損壞。為此，管理處另闢一個復育區並將殘存的山椒魚移入。在移入前，研究者們對新及舊的棲地的生態系進行評估，以確立此項生態恢復計畫之可行性。透過調查得知，原棲地樣區及復育區的環境因子明顯受到季節變化及樣區位置的影響而有所差異，原樣區和復育區最大的差異是水質。在底棲生物方面，復育區雖於初期密度、豐度較低外，整體各樣區的豐度、密度等變化不大。待未來復育區各項環境及生物因子穩定之後，便可將山椒魚殖入新的復育區。（引用文獻：程一駿。觀霧地區生態系復育之調查與可行性的研究。雪霸國家公園。）

臺灣地區的山椒魚，是冰河時期的孑遺生物，皆為臺灣特有種，大多數僅分布於2000公尺以上的高山，且有特定的棲地需求，主要棲息於原始森林的陰暗落葉層、陰濕水域與山溪附近，因而呈現小族群、小範圍的分布，加上其對壓力與干擾的敏銳度高，因此族群數量極為稀少。在過去，國家公園的保育研究多著重在生態多樣性與物種層級之多樣性，對基因多樣性卻少有探討，然而維持物種的基因多樣性，能使該物種在面對環境的變動時，有較強的適應能力，有助於該物種的生存、繁殖與演化。在太魯閣國家公園內出現的三種山椒魚中，楚南氏山椒魚為海拔分布最高者，僅出現於2500以上，主要分布在合歡溪上游、奇萊山區與820林道附近。其中，合歡山區與820林道相距7公里，海拔高度則相差600公尺，但兩處的楚南氏山椒魚卻有序列完全一致的粒線體16s基因片段，顯示兩處的楚南氏山椒魚是屬於同一系群，其基因並無分化現象。（參考文獻：1. 翁慶豐，2010。太魯閣國家公園生態系經營指標物種遺傳物質分析計畫。太魯閣公園管理處，花蓮縣。2. 翁慶豐，2009。太魯閣國家公園珍稀及指標物種研究與復育計畫第一期兩棲爬蟲類基因條碼建立及多樣性分析。太魯閣公園管理處，花蓮縣。）

觀霧山椒魚為小型山椒魚（全長8～10公分），體長與尾長比約5：3。深褐色系為主，體側常有許多白色斑點，後肢多為4趾。分布於觀霧至北插天山一帶1200～2100公尺山區，可見於雪霸國家公園；為目前臺灣地區體型最小，發現最晚、分布最低且最北端的山椒魚。屬於臺灣特有種，並依照野生動物保護法被列為「瀕臨絕種野生動物（I級）」。山椒魚源於亞洲溫帶地區，理論上不應該分布在亞熱帶的臺灣，在冰河時期向南遷徙到臺灣地區；但於冰河時期結束回暖時，部分族群向北回到溫帶地區，另一族群則向高海拔移動，最後被限制在高山地區，因此稱之為冰河孑遺生物，而臺灣地區的山椒魚，也是這類山椒魚分佈的最南界。由於牠們受到氣候環境的限制，終年被限制於高海拔山區；但隨著氣候的暖化，適合生存的等溫線也逐漸向更高的海拔攀升，適合牠們棲息的區域就像是逐漸萎縮的孤島一樣，除了棲地面積變小外，破碎化的棲地也阻斷基因交流的機會。民國93年，敏督利和艾利颱風造成觀霧部份地區土石坍塌，步道受損，對於族群數量已經很少的山椒魚來說，更是雪上加霜的危機。緣於此，雪霸國家公園近年展開觀霧山椒魚監測和保育方案，包括98-100年的觀霧山椒魚棲地試驗之環境監測暨影像紀實的三年計畫，以及99-100年的觀霧山椒魚生態中心及週邊改善工程及週邊環境改善監測計畫，希望能藉此達成觀霧山椒魚棲地復育的成效。（文獻參考：雪霸國家公園網頁）

海草是海草床的主要組成，其生產量高，可孕育大量且多樣的海洋生物，是海洋中最重要的基礎生產者。根據研究，東沙島沿岸主要優勢的6種海草開花或結果多集中在12月至4月間。各樣區海草覆蓋度和植株密度均高，平均覆蓋度高達75%以上，且有季節性變化。各種海草葉片生產力皆為夏高冬低，且有地點間差異，海草葉片生產力在西岸高於小潟湖內。相關分析顯示圓葉水絲草與泰來草的生產力受到水溫的影響極顯著，且同種類海草之葉片生產力明顯高於緯度相近的海南島海草床。估算整個東沙島沿岸海草床生產量為每年每平方公尺2615克乾重，為全球海草床平均值2倍以上，估計東沙島沿岸海草床年總生產量30554公噸，相當於年吸收10226公噸的碳，扮演自然碳匯系統。（引用文獻：林幸助。東沙海域大型藻類生物量與海草物候、生產力調查。東沙環礁國家公園）

研究者於2010年10月以雪霸國家公園雪見地區之優勢物種—台灣長耳蝠進行實驗。4隻個體中兩隻個體在裝上無線電發報機後完全無法追蹤到（無訊號），另外兩隻則順利定位。從兩隻個體的每日定位追蹤資料可知，其日間棲所均選擇生立木之樹洞，其中一隻個體連續4 天均位於同一棵樹上，但因為棲息之樹洞太高無法攀爬，僅紀錄其樹種。另一隻個體在連續4天的定位發現，此個體每日都會改變棲息的樹洞。就所棲息的樹種來看，似乎沒有選擇的偏好。本研究發現台灣長耳蝠之日間棲所，亦為國內首次之發現紀錄。因本年度僅進行4隻個體實驗，且只獲得其中兩隻個體之結果，並無法代表所有的台灣長耳蝠之習性與棲所選擇偏好，未來的研究將繼續增加實驗樣本數量，繼續進行野外無線電追蹤研究，以期得到更多資料並可作為本處在野生動物保育與生物多樣性保育（棲地保育）的經營管理上的基本參考依據。（引用文獻：陳家鴻。雪霸國家公園雪見地區蝙蝠多樣性調查Ⅲ。雪霸國家公園。）