金門位居東亞候鳥遷移路徑要點，候鳥資源豐富，其中數量龐大的鸕鶿(Phalacrocorax carbo)是最引起人們注意的過境鳥類。研究者藉由分析、比對羽毛中穩定同位素的比例，探討金門渡冬鸕鶿之可能繁殖地來源。結果發現在金門採集的多數羽毛中，重氫及氧18的分布與烏蘇里江、知多半島、青海湖等地之羽毛樣本均不相符，因此在金門越冬的主要鸕鶿族群應不是來自於此三地。在金門採集的羽毛不同穩定性同位素的分布極為分散，推測來到金門越冬的鸕鶿極可能來自於多個繁殖地點或是一個廣闊的區域。此外，金門慈湖、太湖及小金門等地鸕鶿的穩定性同位素分布雖廣，但互相不完全重疊，推測三地鸕鶿族群所來自的繁殖地並不完全相同。由穩定性同位素分析、對照文獻紀錄及實地訪查的結果，推測金門越冬的鸕鶿主力可能來自於更北方的俄羅斯境內烏蘇里江流域，或是貝加爾湖南側一帶。（引用文獻：丁宗蘇。鸕鶿生態調查研究(二)。金門國家公園。）

臺灣地區的山椒魚，是冰河時期的孑遺生物，皆為臺灣特有種，大多數僅分布於2000公尺以上的高山，且有特定的棲地需求，主要棲息於原始森林的陰暗落葉層、陰濕水域與山溪附近，因而呈現小族群、小範圍的分布，加上其對壓力與干擾的敏銳度高，因此族群數量極為稀少。在過去，國家公園的保育研究多著重在生態多樣性與物種層級之多樣性，對基因多樣性卻少有探討，然而維持物種的基因多樣性，能使該物種在面對環境的變動時，有較強的適應能力，有助於該物種的生存、繁殖與演化。在太魯閣國家公園內出現的三種山椒魚中，楚南氏山椒魚為海拔分布最高者，僅出現於2500以上，主要分布在合歡溪上游、奇萊山區與820林道附近。其中，合歡山區與820林道相距7公里，海拔高度則相差600公尺，但兩處的楚南氏山椒魚卻有序列完全一致的粒線體16s基因片段，顯示兩處的楚南氏山椒魚是屬於同一系群，其基因並無分化現象。（參考文獻：1. 翁慶豐，2010。太魯閣國家公園生態系經營指標物種遺傳物質分析計畫。太魯閣公園管理處，花蓮縣。2. 翁慶豐，2009。太魯閣國家公園珍稀及指標物種研究與復育計畫第一期兩棲爬蟲類基因條碼建立及多樣性分析。太魯閣公園管理處，花蓮縣。）

海草是海草床的主要組成，其生產量高，可孕育大量且多樣的海洋生物，是海洋中最重要的基礎生產者。根據研究，東沙島沿岸主要優勢的6種海草開花或結果多集中在12月至4月間。各樣區海草覆蓋度和植株密度均高，平均覆蓋度高達75%以上，且有季節性變化。各種海草葉片生產力皆為夏高冬低，且有地點間差異，海草葉片生產力在西岸高於小潟湖內。相關分析顯示圓葉水絲草與泰來草的生產力受到水溫的影響極顯著，且同種類海草之葉片生產力明顯高於緯度相近的海南島海草床。估算整個東沙島沿岸海草床生產量為每年每平方公尺2615克乾重，為全球海草床平均值2倍以上，估計東沙島沿岸海草床年總生產量30554公噸，相當於年吸收10226公噸的碳，扮演自然碳匯系統。（引用文獻：林幸助。東沙海域大型藻類生物量與海草物候、生產力調查。東沙環礁國家公園）

(圖片來源/陳餘鋆，http://np.cpami.gov.tw/) 海管處表示東沙環礁的潟湖地形加上面積廣大的的海草床，是檸檬鯊喜歡棲息的環境，東沙島邊也曾在春季發現成鯊進入海草床洄游，推測可能是在此時進行生殖行為。此外，在溫暖的日子幼鯊常會出現沿著海岸邊緣洄游，並透過漲潮時分進入廣大的海草床覓食，因此此時在東沙島邊很容易觀察到它們的身影。 鯊魚在海洋生態上具有重要的角色，是海洋健康的守護者之一，但因經濟價值高，因此在全球各地都有過度捕撈的情形發生，也破壞了整個海洋生態系的平衡，目前已有許多國家針對鯊魚進行保育規劃，陸續成立海洋保護區或是針對特定物種進行保護；東沙是我國目前可以觀察到鯊魚生態的最好地點之一，此外也可觀察到其他豐富的軟骨魚類資源，讓我們一起守護東沙，落實我國的鯊魚的保育工作。 （參考文獻：王建平，2012，東沙海域大型獵食性生物資源調查-東沙島周邊檸檬鯊及其他軟骨魚類調查。海洋國家公園管理處。）

除了生態與行為特徵，族群的遺傳結構、變異度與族群組成，亦是保育瀕危物種的重要資訊。研究者長期在大分地區蒐集臺灣黑熊的新鮮排遺與毛髮，以DNA進行遺傳分析，鑑別出百餘隻不同的個體，作為推估臺灣黑熊族群數量、遺傳多樣性、近親交配指數與族群間基因交流程度的依據。若將99年度鑑別出的50個個體視為單一族群進行分析，結果顯示該族群之歧異度尚高；但可能由於黑熊個體在大分地區的青剛櫟結果期結束後，便回到不同的地區繁殖，則來自不同地區的個體間可能會存在著地理上的遺傳分化，即代表一個大族群下擁有多個亞族群，因而產生華倫德效應（Wahlund effect），使得大族群的分析結果偏離哈溫平衡（Hardy-Weinberg equilibrium）。然而黑熊的活動力甚強，尚待多年追蹤的個體資料，以及大分地區以外的族群遺傳資訊，提供更加詳細的資料進行佐證。（參考文獻：黃美秀，2010-2012。玉山國家公園台灣黑熊族群生態及遺傳狀況評估研究（1/4-3/4）。玉山國家公園管理處，南投縣。）

凶狠圓軸蟹(Cardisoma carnifex)是東沙島上數量最多的陸蟹，分佈於高潮線以上的防風林底層、紅樹林潮溝、草澤地帶挖洞穴居。母蟹於生殖季節會有降海釋卵的行為，而且時間會較為集中，是進行族群觀察與記錄的最佳時間。根據2008年的調查記錄，在東沙島小潟湖四周停機坪東側窪地有較多的族群棲息，洞口數為94洞，與過去介於80至110洞的調查結果相比，並無顯著改變。該區域是較容易受到干擾的區域，除了人為干擾之外，颱風的侵襲也會破壞兇狠圓軸蟹的棲地，大浪沖毀小潟湖的沙岸，潮水侵入造成停機坪東側潟湖淹水，積水的洞穴會使這些陸蟹大多數遷移至他處。而八德堡旁窪地有逐漸陸化情形，該處洞口數有明顯減少趨勢，減少約20個洞口。目前對於凶狠圓軸蟹族群仍持續調查記錄中。（引用文獻：鄭明修。東沙海域珊瑚礁生態資源調查與監測(二)。東沙環礁國家公園。）

樹輪學是利用樹輪來標定其年分並研究分析其物理、空間、時間等的一門學問，可應用於研究環境變遷對於林木的影響。研究者於2011年於南湖大山審馬陣山屋及南湖東北峰共計採取玉山圓柏及台灣冷杉各30株樹芯，發現樹輪徑向生長與年均溫、主要生長季節（6-8月）夏季溫度有正相關，特別是6月份溫度，顯示玉山圓柏與臺灣冷杉的生長與主要生長季節夏季氣溫有著極大的關係；另外高山地區3月份降水量也與生長呈正相關，尤其在生長季節開始的春季降雨有助於樹木生長。溫度與降雨等氣候因子反應在樹木生長上的初步訊息，顯示氣候暖化對於兩種生長於亞高山地區樹種的生長有正向增加效應。但是氣候暖化也可能促成較低海拔樹種往較高海拔遷移，與該區域的原生樹種競爭，使分佈於較高海拔樹種產生衝擊效應。（引用文獻：陳建璋、詹明勳。氣候變遷對於台灣亞高山玉山圓柏與冷杉樹輪氣候學之研究。太魯閣國家公園。）

毛足圓軸蟹正面臨著族群繁衍的問題，繁殖季成蟹自陸地回海中繁衍的時刻恰巧與人類遊憩的暑假時期相同，且此蟹回海產卵及爬行上陸的路徑會通過屏鵝公路，讓此路成為毛足圓軸蟹的墳場。透過使用生態工法建立新的工程方式，可以提供毛足圓軸蟹生存的空間，也可以創造觀光旅遊的新據點，研究人員正著手研究毛足圓軸蟹族群移動的現象、地點，以規劃出適合建設廊道或是其他配套措施(像是公路跳越坡、超高堤、瓷磚坡牆等方法）讓生物與人類共同創造共存的局面。（引用文獻：許海龍。墾丁國家公園陸蟹產卵生態構法及保育技術探討。墾丁國家公園。）