針葉林分佈在海拔2500-3300公尺左右，其中冷杉分佈得比鐵杉、雲杉更高。因林相單純，物種組成也較低海拔少，這裡的樹冠可見一些高山鳥類例如煤山雀、灰頭花翼等，哺乳類如白面鼯鼠，林下的石縫是山椒魚的棲息地，都是非常有特色的動物。鄰近的高山草原、寒原的動物，大多也會利用這片棲地。《玉山國家公園》

海拔約1500-2500公尺左右，植被以針葉樹如紅檜、二葉松，和樟科、殼斗科為主要組成類群，森林的層次及結構多樣，且有豐富的水氣，也有不少附生植物。這裡涵蓋大多種類的哺乳動物，蝙蝠以許多的無脊椎動物作為食源，白面鼯鼠神秘地滑翔。許多台灣特有鳥種也棲息於此，也是最有機會與千元動物-帝雉相遇的地方。《玉山國家公園》

太魯閣境內包括南湖、畢祿、合歡、奇萊等海拔3200公尺以上的山區，都屬於高山寒原。寒原日夜溫差大，並在冬天可見降雪，植被種類少，卻也孕育出許多珍稀的高山植物，他們多具有特化的型態適應如此嚴苛的環境，在五岩峰、南湖圈谷沿路可發現他們，型態多樣而美麗。另可見動物如黃鼠狼、金翼白眉、酒紅朱雀等活動。在全球氣候的變遷下，這裡的生態相對脆弱而易受衝擊。《太魯閣國家公園》

玉山山區是台灣眾多溪流的分水嶺，其中拉庫拉庫溪的流域包含在園區內，是極為重要的溪流，棲息著保育類－台東間爬岩鰍，還有初級淡水魚如高身鏟頜魚、何氏棘魞，兩者體型都是溪流中的大哥等級。此外也有洄游性的魚蝦，例如日本禿頭鯊、大和米蝦。擁有清澈豐沛溪水的拉庫拉庫溪，是淡水生物珍貴的棲地。《玉山國家公園》

玉山箭竹是這片高山草原的優勢種，在背陽的坡面通常錯落著冷杉林。春夏是高山植物的時裝季，合歡主、東峰是時尚的中心。杜鵑花中分布海拔最高的玉山杜鵑，黑斑龍膽在黝黑岩壁的襯托下，綻放令人驚嘆的黃；玉山卷耳也以點點的白相迎，鼓舞著旅人。山椒魚也在岩縫中活動筋骨，酒紅朱雀像是熟門熟路的導遊，在樹上地上穿梭。秋冬，這裡開始休養生息，唯獨冷杉頂著一頭白雪，像是智慧的長者，堅定地守候大地。《太魯閣國家公園》

箭竹草原間雜在寒原，其中也會分佈一些針葉樹，在迎風面可見玉山箭竹，背風面可見高山芒，兩者都是水鹿的主要食物，因此這裡有水鹿棲息，此外在碎石坡上還有機會能看到臺灣野山羊跳躍的英姿。箭竹叢中有高山田鼠還有天敵黃鼠狼，比較特別的是棲息在高山的蛇類-菊池氏龜殼花，蝶類如玉山蔭蝶。這裡物種種類雖不多，但各有特色。《玉山國家公園》

玉山的闊葉林幾乎都遭受人為干擾和開發，僅東部園區的瓦拉米至大分區域保留較為完整、原始的闊葉林相。中大型哺乳動物繁多，最著名的應該是大分山區青剛櫟林，是臺灣黑熊的大餐。林下蕨類密集地生長，許多的兩棲爬蟲類在此棲息繁盛，這裡豐富的食物和多樣的棲地，也是許多鳥類、蝙蝠賴以維生的資源。《玉山國家公園》