海拔約1500-2500公尺左右，植被以針葉樹如紅檜、二葉松，和樟科、殼斗科為主要組成類群，森林的層次及結構多樣，且有豐富的水氣，也有不少附生植物。這裡涵蓋大多種類的哺乳動物，蝙蝠以許多的無脊椎動物作為食源，白面鼯鼠神秘地滑翔。許多台灣特有鳥種也棲息於此，也是最有機會與千元動物-帝雉相遇的地方。《玉山國家公園》

在石灰岩地形和乾濕季分明的環境下，岩生植被、熱帶雨林植被主要構成這裡的森林，林相組成特殊，孕育許多特稀有的動植物，尤其對於仰賴特定植物的昆蟲之多樣性維繫十分重要，例如黃裳鳳蝶和其食草－港口馬兜鈴。現今許多低海拔棲地大受破壞及干擾，高位珊瑚礁森林特殊的生態儼然是許多生物的庇蔭。《墾丁國家公園》

以南仁湖代表，因當地降雨或泉水，滯留在山間盆地中形成的天然湖泊沼澤，包括三個水域：中央大水域、獨立南仁湖、南仁古湖(宜蘭澤)。南仁湖被原始闊葉林環繞，但由水生植物的群聚變化，近年有陸化的趨勢。目前墾管處正嘗試營造成過境候鳥的棲息地，以人工調控水域深度的方式，吸引春秋過境鳥及度冬的雁鴨覓食和利用。《墾丁國家公園》

玉山山區是台灣眾多溪流的分水嶺，其中拉庫拉庫溪的流域包含在園區內，是極為重要的溪流，棲息著保育類－台東間爬岩鰍，還有初級淡水魚如高身鏟頜魚、何氏棘魞，兩者體型都是溪流中的大哥等級。此外也有洄游性的魚蝦，例如日本禿頭鯊、大和米蝦。擁有清澈豐沛溪水的拉庫拉庫溪，是淡水生物珍貴的棲地。《玉山國家公園》

太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》

墾丁於冬、春季受東北季風吹拂，在當地形成強勁的落山風，在迎風面生長的亞熱帶、溫帶植物，其分佈海拔在其他地方可達1000公尺，但在這裏僅海拔數百公尺就可見。另因地處北迴歸線以南，在背風面的林相又偏向熱帶雨林的型態，蘭科及附生植物眾多。植物組成種類豐富，形成複雜的森林結構，相對的動物相也多樣，有眾多的兩棲及爬蟲類、留鳥及哺乳類。《墾丁國家公園》

玉山的闊葉林幾乎都遭受人為干擾和開發，僅東部園區的瓦拉米至大分區域保留較為完整、原始的闊葉林相。中大型哺乳動物繁多，最著名的應該是大分山區青剛櫟林，是臺灣黑熊的大餐。林下蕨類密集地生長，許多的兩棲爬蟲類在此棲息繁盛，這裡豐富的食物和多樣的棲地，也是許多鳥類、蝙蝠賴以維生的資源。《玉山國家公園》

海拔100-1000公尺左右屬於闊葉林，500公尺以下主要為溪谷山麓或者道路兩旁的闊葉林，前者多見澀葉榕、九芎等峭壁植被，後者多見血桐、構樹。500-1000公尺則主要是楠木及殼斗植物為主的森林。這裡也是一些中高海拔鳥種於冬季降遷時的覓食棲地。《太魯閣國家公園》