太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》
玉山山區是台灣眾多溪流的分水嶺，其中拉庫拉庫溪的流域包含在園區內，是極為重要的溪流，棲息著保育類－台東間爬岩鰍，還有初級淡水魚如高身鏟頜魚、何氏棘魞，兩者體型都是溪流中的大哥等級。此外也有洄游性的魚蝦，例如日本禿頭鯊、大和米蝦。擁有清澈豐沛溪水的拉庫拉庫溪，是淡水生物珍貴的棲地。《玉山國家公園》
