太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》
雪山地區的溪流北有雪山山脈，南則是南湖大山山系，阻隔族群的交流及物種的擴散。這裡的溪水清澈冷冽，兩岸的天然植被供應動物所需的養分，陸封型的台灣櫻花鉤吻鮭在此成為孑遺物種，全台近七成的鴛鴦族群在天然樹洞繁殖，這些特別的生物造就雪山溪流的獨特與珍貴。《雪霸國家公園》
