針葉林分佈在海拔2500-3300公尺左右，其中冷杉分佈得比鐵杉、雲杉更高。因林相單純，物種組成也較低海拔少，這裡的樹冠可見一些高山鳥類例如煤山雀、灰頭花翼等，哺乳類如白面鼯鼠，林下的石縫是山椒魚的棲息地，都是非常有特色的動物。鄰近的高山草原、寒原的動物，大多也會利用這片棲地。《玉山國家公園》

這片霧林帶的生態觀察重點很多，珍稀物種例如觀霧山椒魚、棣慕華鳳仙花等，前者在觀霧山椒魚生態中心，後者在雲霧步道起點都是很好的觀察地點。此外，這裡也是台灣國蝶─寬尾鳳蝶及其食草─台灣檫樹的棲息地，相當珍貴。在天然林中，許多的樹洞和倒木為蝙蝠提供多樣的棲地，蝙蝠種類多達17種；鳥類繁殖季時，各樣鳥種鳴唱不絕於耳，林下漫步著特有種藍腹鷴及帝雉。整體而言，這裡的特有種比例居冠。《雪霸國家公園》

自海拔1000公尺起，就逐漸演變成闊葉林轉為至海拔2500公尺針葉林的針闊葉林混合帶，平地的水氣因海拔上升，溫度降低而凝結，因此針闊葉林盛行雲霧，又稱為雲霧帶或霧林帶。碧綠神木屬於的香杉(巒大杉)就是生長於較上方霧林帶的針葉樹，森林也有雲杉、鐵杉生長著，闊葉樹種則包括台灣紅榨槭、森氏櫟、昆欄樹等。值得一提的是清水山的霧林帶，因屬於石灰岩地質，植被和其他地區不同，其中不乏特稀有植物，例如清水圓柏。霧林帶因森林垂直結構複雜且樹種組成多樣，提供許多棲地及食源給動物，因此這裡的物種豐富度最高。《太魯閣國家公園》

雪山地區的溪流北有雪山山脈，南則是南湖大山山系，阻隔族群的交流及物種的擴散。這裡的溪水清澈冷冽，兩岸的天然植被供應動物所需的養分，陸封型的台灣櫻花鉤吻鮭在此成為孑遺物種，全台近七成的鴛鴦族群在天然樹洞繁殖，這些特別的生物造就雪山溪流的獨特與珍貴。《雪霸國家公園》

太魯閣境內包涵許多溪流的源頭，例如大甲溪、和平溪，其中立霧溪由西向東貫穿整個國家公園。境內岩層性質不同，岩性較堅硬的地方水域清澈，例如主要為大理石和片麻岩的砂卡噹溪，棲息著高身鏟頜魚、日本禿頭鯊、大和米蝦、斯文豪氏赤蛙等。而例如陶塞溪上游多崩壁，水域混濁，幾乎沒有生物的蹤跡。溪流生態系也可見一些溪流鳥類，例如鉛色水鶇、紫嘯鶇，還有冬候鳥的藍磯鶇。《太魯閣國家公園》

箭竹草原間雜在寒原，其中也會分佈一些針葉樹，在迎風面可見玉山箭竹，背風面可見高山芒，兩者都是水鹿的主要食物，因此這裡有水鹿棲息，此外在碎石坡上還有機會能看到臺灣野山羊跳躍的英姿。箭竹叢中有高山田鼠還有天敵黃鼠狼，比較特別的是棲息在高山的蛇類-菊池氏龜殼花，蝶類如玉山蔭蝶。這裡物種種類雖不多，但各有特色。《玉山國家公園》

海拔100-1000公尺左右屬於闊葉林，500公尺以下主要為溪谷山麓或者道路兩旁的闊葉林，前者多見澀葉榕、九芎等峭壁植被，後者多見血桐、構樹。500-1000公尺則主要是楠木及殼斗植物為主的森林。這裡也是一些中高海拔鳥種於冬季降遷時的覓食棲地。《太魯閣國家公園》